通过biopython连接Ensembl
通过biopython连接Ensembl
提问于 2012-07-05 00:30:25
我刚刚加入了python和biopython的工作，喜欢连接Ensebml并获取一些序列和其他数据，如TSS，一些基因的列表等。但我的问题是，我似乎找不到生物python中的任何方法或模块来做到这一点。我知道这是使用Ensembl API的perl中的一件非常常规的事情。如果有人告诉我或者给我看一份文档，看看这些东西是如何用biopython完成的，我真的很感激。谢谢
回答 2
Stack Overflow用户
发布于 2012-07-05 00:49:02
BioStar中有a similar question and a few answers。
Stack Overflow用户
发布于 2013-05-14 18:07:05
您需要使用并安装pyCogent模块。然后，使用Ensembl要做的特定代码如下：http://pycogent.org/examples/query_ensembl.html
根据您想要做什么，您可能更喜欢使用Ensembl中的REST API，它位于：http://beta.rest.ensembl.org
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原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/11332743
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