基于均值和排序的分组显著性检验

Question

在临床前药学中，许多治疗组与一个或多个对照组进行统计学意义的比较。

例如Dunnett，Duncan，Schefee，Tukey，Benferonni，Dunn-Sidak Newman-Keuls，t-test等统计检验如果数据来自正态分布，则比较分组均值，如果数据不是正态分布，则比较Kruskal-Wallis，Mann-Whitney排名数据等检验。

我很难找到在R包中执行这些测试的函数。理想情况下，它们将给出标准输出，如测试统计数据，显示比较组是否彼此显着不同的p值。

我知道R有一个名为multcomp的包，但它似乎不包括上面提到的许多参数测试。谁能告诉我如何在R中找到执行这种统计测试的函数？

Answer 1

扩展了本的答案，stats包提供了许多经典的显着性测试：

grep(ls("package:stats"), pattern="test", value=T)
#  [1] "ansari.test"          "bartlett.test"        "binom.test"          
#  [4] "Box.test"             "chisq.test"           "cor.test"            
#  [7] "fisher.test"          "fligner.test"         "friedman.test"       
# [10] "kruskal.test"         "ks.test"              "mantelhaen.test"     
# [13] "mauchley.test"        "mauchly.test"         "mcnemar.test"        
# [16] "mood.test"            "oneway.test"          "pairwise.prop.test"  
# [19] "pairwise.t.test"      "pairwise.wilcox.test" "poisson.test"        
# [22] "power.anova.test"     "power.prop.test"      "power.t.test"        
# [25] "PP.test"              "prop.test"            "prop.trend.test"     
# [28] "quade.test"           "shapiro.test"         "t.test"              
# [31] "var.test"             "wilcox.test"         

此外，multcomp支持在多重比较下调整重要性的许多方法，包括您提到的几种方法。要查看哪些文件，请键入：

library(multcomp)
?contrMat

args(contrMat)  # (Just to show them here)
# function (n, type = c("Dunnett", "Tukey", "Sequen", "AVE", "Changepoint", 
#     "Williams", "Marcus", "McDermott", "UmbrellaWilliams", "GrandMean"), 
#     base = 1) 

您可能还会对CRAN站点上的“临床试验设计、监测和分析”任务视图感兴趣。要找到它，请转到here，然后单击左侧边栏中的“任务视图”。

编辑：最后一个注意事项-如果你想要曼恩-惠特尼测试，它是半隐藏的。在?wilcox.test中查找它。

Answer 2

你看过stats包了吗？例如，它有您想要的t-test，以及各种Tukey方法。此外，还有一个DTK包，它允许您“进行Dunnett修改的图基-克雷默测试”。Scheffe test可以在agricolae包中找到，Duncan test可以在laercio包中找到，Bonferonni test可以在alr3包中找到。

您可能不想使用Newman-Keuls。

Answer 3

你似乎把基本测试的术语(t-test，Kruskal-Wallis，Mann-Whitney)和调整多重比较的方法(Dunnett，Duncan，Scheffe，Tukey，Bonferonni，Dunn-Sidak Newman-Keuls)的术语混在一起了。在基数R中，您会发现p.adjust函数提供了几种调整方法。您提到了multcomp包，但没有提到mutoss包。邓肯和谢夫的调整方法在agricolae软件包中。对于在coin包中实现的基于等级和排列的测试，有多个比较过程。所有这些信息都可以通过R中内置的搜索工具轻松获得，并在sos包中提供。为了我们集体药物开发的安全性，我希望你向比你上面展示的更多知识的人报告。