R热图中的颜色标签(文本)

Question

我正在尝试在R中制作一个热图，其中的标签文本是彩色的(以指示数据点来自哪个组)。

我目前使用的是heatmap.2，但我很乐意使用另一个包。

heatmap.2(data.matrix(data),trace = 'none', dendrogram='none',ColSideColors=col)

这个调用为我提供了沿着标签的彩色条(ColSideColors)，但我想让标签本身着色。

非常感谢！

Answer 1

您将需要创建一个包含col.axis参数的新函数。下面是要使用的函数行：

# there were four long pages of code before this section:

axis(1, 1:nc, labels = labCol, las = 2, line = -0.5, tick = 0, # original line
        col.axis="green",   # added argument
        cex.axis = cexCol)
if (!is.null(xlab)) 
        mtext(xlab, side = 1, line = margins[1] - 1.25)
axis(4, iy, labels = labRow, las = 2, line = -0.5, tick = 0, # original line
        col.axis="green",   # added argument
        cex.axis = cexRow)

Answer 2

我最近也遇到了同样的问题，最终我用mtext替换了原来的axis。前面的答案显示了用于绘制标签的axis语句。但是，col.axis只能指定一种颜色。为了启用矢量颜色，

#    axis(1, 1:nc, labels = labCol, las = 2, line = -0.5, tick = 0, 
#        cex.axis = cexCol )
mtext(side = 1, text = labCol, at = 1:nc, las = 2, line = 0.5,col = ClabColor, cex = cexCol)


#    axis(4, iy, labels = labRow, las = 2, line = -0.5, tick = 0, 
#        cex.axis = cexRow )
mtext(side = 4, text = labRow, at = iy, las = 2, line = 0.5,col = RlabColor, cex = cexCol)

此外，请记住在函数ClabColor = "black", RlabColor = "black"中再添加两个参数。默认颜色为黑色。

另一件需要注意的事情是，矢量颜色应该遵循标签的顺序，这些标签在计算树状图时会被排列

Answer 3

由于缺少评论权限，我无法回复lwz0203，但他们的代码并不十分完整。您需要添加以下行：

if(is.vector(RlabColor)) {
    RlabColor=RlabColor[rowInd]
}

(对于ClabColor也是如此)

if(is.vector(ClabColor)) {
    ClabColor=ClabColor[colInd]
}

在代码中的某个点，或者当您使用颜色矢量时，您将获得与标签不匹配的颜色。矢量labRow或labCol中的文本已经使用代码进行了重新排序：

if (is.null(labRow))
    labRow <- if (is.null(rownames(x)))
        (1:nr)[rowInd]
        else rownames(x)
else labRow <- labRow[rowInd] 

因此，我在同一位置添加了RlabColor和ClabColor的重新排序。