如何在R中使用prcomp将属性数量减少到20？

Question

我有一个名为data的104属性数据集。我想使用R中的prcomp函数将属性数量减少到20个。

我这样做了：

pr = prcomp(data)

但是pr只包含prcomp类的一个实例。如何将原始数据集中的属性数量减少到20个？

Answer 1

首先，prcomp进行主成分分析。主成分分析可以得到与变量数量一样多的成分。你要找的，是一个因子分析：

ff <- factanal(data,20)

请参阅?factanal

如果只想将前20个主成分保留为新的数据集，则可以很容易地从predict()函数中选择它们。或者你自己计算一下：

x <- prcomp(USArrests, scale = TRUE)

tt <- predict(x) # the standard way

# below the matrix way
tt2 <- scale(USArrests,x$center,x$scale) %*% x$rotation

# with only 3 components instead of 4
tt3 <- predict(x)[,1:3]
tt4 <- scale(USArrests,x$center,x$scale) %*% x$rotation[,1:3]

但请注意，因子分析将数据集减少到20个因子并不等同于保留PCA的前20个主成分。

Answer 2

我同意@Joris Meys的回答，但我想补充一句，prcomp有一个rank参数，允许选择第一个n主组件。

例如，要选择前20个主成分，可以使用：

pca <- prcomp(data, rank = 20)