R read.table <-> write.table

Question

在R中：

d=read.table(filename, as.is = TRUE, header = TRUE, sep = "\t", row.names = 1)

从d写回完全相同的文件的命令是什么？

write.table(d, ?)

我给你一个输入文件的例子：

one two
1   2

分隔符是"\t“。在使用read.table读取输出文件后，会写入完全相同的输出文件的write.table参数是什么？

谢谢你，Gregor

Answer 1

问题是您的read.table将column 1用作row.names，因此它丢失了它的列名("one")。当你把它写出来的时候，你必须做一些特殊的事情来找回"one“这个名字。

cbind(one=row.names(d), d)会将row.names添加为名称为"one“的列。然后，您只需禁用row.names和引号，并指定分隔符：

# Create the test file
filename <- "test.txt"
filename2 <- "test2.txt"
cat("one\ttwo\n1\t2\n", file=filename)

# read it in
d <- read.table(filename, as.is = TRUE, header = TRUE, sep = "\t", row.names = 1)

# write it out again
write.table(cbind(one=row.names(d), d), filename2, row.names=FALSE, sep="\t", quote=FALSE)

# Ensure they are the same:
identical(readLines(filename), readLines(filename2)) # TRUE

readLines(filename)
readLines(filename2)

UPDATE为避免硬编码第一个列名，请不要在加载时丢失：

# Read the data without any row.names
d <- read.table(filename, as.is = TRUE, header = TRUE, sep = "\t", row.names = NULL)
# Then use the first column as row.names (but keeping the first column!)
row.names(d) <- d[[1]]
d
#  one two
#1   1   2        

# Now you can simply write it out...
write.table(d, filename2, row.names=FALSE, sep="\t", quote=FALSE)

# Ensure they are the same:
identical(readLines(filename), readLines(filename2)) # TRUE

当然，如果您保留第一列的名称并像第一个示例中那样使用它，那么您仍然可以删除它。

Answer 2

write.table(d,"filename")

您必须指定要使用的文件扩展名。希望它能起作用。