R:居中heatmap.2键(gplots包)

Question

我想通过heatmap.2()命令创建一个热图，其颜色键以0为中心(即白色-> 0，红色->大于0，蓝色->小于0)，同时保持scale=为“none”，因为我对绘制实际值的热图感兴趣。但是，在使用下面这行代码时，我的所有热图都不是以零为中心的：

library(gplots)
outputHeatmap <- heatmap.2(heatmapInputActual, dendrogram="none", Rowv=FALSE,
    Colv=FALSE, col= bluered(256), scale="none", key=TRUE, density.info="none", 
    trace="none", cexRow=0.125, cexCol=0.125, symm=FALSE, symkey=TRUE)

我原以为使用命令symkey=TRUE会起作用，但事实并非如此。我尝试制作热图的变量是一个(n×3)数值矩阵。上述heatmap.2()命令的输入有问题，如下所示：

8.408458  5.661144   0.00000000
4.620846  4.932283  -0.46570468
-4.638912 -3.471838  -0.12146109
-4.822829 -3.946024   0.06403327
3.948832  4.520447  -0.31945941

谢谢您抽时间见我。我期待着你的回复。

Answer 1

解决方案似乎只是将symbreaks添加到您的heatmap.2中。下面是一个完全可重现的数据示例：

library(gplots)
#read your example data
heatmapInputActual <- read.table(textConnection(
"8.408458 5.661144 0.00000000
4.620846 4.932283 -0.46570468
-4.638912 -3.471838 -0.12146109
-4.822829 -3.946024 0.06403327
3.948832 4.520447 -0.31945941
"),as.is=TRUE)
#convert sample data to matrix
heatmapInputActual <- as.matrix(heatmapInputActual)
#just add symbreaks to the end of your code
heatmap.2(heatmapInputActual, dendrogram="none", Rowv=FALSE, Colv=FALSE, 
          col = bluered(256), scale="none", key=TRUE, density.info="none", 
          trace="none", cexRow=0.125, cexCol=0.125, symm=F,symkey=T,symbreaks=T)

​

​