新工具速递｜ChromTag：一站式CUT&Tag/ChIP-seq表观组交互式分析可视化平台

ChIP-seq、CUT&Tag是当前表观遗传、转录调控、疾病机制研究的核心技术。尤其是CUT&Tag，凭借低细胞量、低背景、高分辨率的优势，已经逐步替代传统ChIP-seq，成为主流实验手段。

但绝大多数实验课题组都会卡在同一个问题：测序拿到峰文件后，下游分析太难。

命令行MACS2、HOMER上手难度大，代码流程繁琐、参数复杂；各类在线工具功能零散，只能做简单绘图，无法完成差异分析、基因注释、富集和基序挖掘，整套分析需要来回切换多个软件，重复性差、配图零散，非常影响科研进度。

2026年6月，广东药科大学联合广州中医药大学团队在 Frontiers in Bioinformatics 发表全新工具 ChromTag(https://xulabgdpu.cpolar.top/ChromTag/)，一款基于 R-Shiny 搭建的零代码、全流程、交互式表观组分析平台，完美解决CUT&Tag/ChIP-seq下游分析痛点。

🔹 为什么要用 ChromTag？

目前市面上同类工具普遍存在明显短板：有的只能绘图、不能注释基因；有的仅有差异分析，缺乏GSEA和基序分析；还有的模块割裂，无法形成完整分析链条。

而ChromTag最大的优势就是：把表观组所有刚需下游分析，整合到一个网页端，无需编程、无需复杂配置，上传预处理峰矩阵即可完成全套分析。

🔹 八大核心模块，覆盖全套科研需求

平台采用标准化模块化流程，完全贴合常规ChIP/CUT&Tag数据分析思路，全程可视化、可交互、可导出论文级结果：

1. 数据质控与全景可视化支持染色体峰密度分布、TSS转录起始位点富集图谱，快速判断数据整体质量与调控区域富集特征。

2. 数据过滤与实验组分组自定义阈值过滤低质量无效峰，支持灵活分组对比，适配各类干预、对照实验设计。

3. 严谨的差异峰分析基于经典DESeq2算法进行差异峰统计，内置BH、Holm多重检验校正，可自主优化过滤参数，精准筛选上调、下调染色质修饰区域。

4. 精准基因组注释自动将差异峰注释到启动子、外显子、内含子、基因间区等区域，匹配最近靶基因，输出注释统计表、分布饼图、UpSet交集图。

5. 全套论文级可视化一键生成火山图、MA图、PCA聚类图、差异峰热图，既能展示样本聚类关系，又能直观呈现全局差异染色质景观。

6. 双向功能富集分析同时支持 ORA（GO/KEGG） 和 GSEA 两种主流富集模式，可分别对上调、下调峰关联基因进行通路解析，精准区分激活/抑制调控通路。

7. 转录因子基序富集针对差异峰区域进行基序挖掘，筛选潜在关键转录因子，助力解析“染色质修饰+转录因子”协同调控机制。

8. 结果一键导出所有图表、表格支持PDF/PNG/JPEG/CSV标准化导出，可直接用于文章作图与结果整理。

🔹 相比同类工具的核心优势

✅ 零代码操作：纯网页交互，零基础也能独立完成全套生信分析

✅ 流程完整闭环：从质控、差异分析、注释、富集到TF挖掘一站式完成

✅ 统计严谨规范：基于DESeq2标准流程，适配生物学重复实验设计

✅ 多物种兼容：支持人、小鼠、果蝇三大常用模式生物

✅ 轻量化高效：仅需峰计数矩阵，无需超大BAM文件，运行速度快

✅ 完全开源免费：GitHub开源，可在线使用、可本地部署

🔹 实测案例验证可靠

研究团队利用公开A549细胞H3K27ac数据集完成完整流程验证，成功筛选出药物处理前后的差异染色质修饰区域，富集得到钙信号、轴突导向等关键通路，并锁定潜在协同调控转录因子，充分证明工具的稳定性与实用性。

🔹 适合哪些科研人？

✅ 做ChIP-seq/CUT&Tag、缺少生信分析团队的课题组

✅ 生信新手、零基础想要独立完成表观组数据分析

✅ 需要快速批量分析样本、批量出图的科研人员

✅ 从事表观调控、疾病机制、中药药理、细胞分化方向研究

📌 文献信息

标题：ChromTag: an interactive R-shiny platform for analysis and visualization of CUT&Tag and ChIP-seq peak profiling data 期刊：Frontiers in Bioinformatics 发表时间：2026年6月 DOI：10.3389/fbinf.2026.1805772

开源地址：https://github.com/fluquor1214/ChromTag

总结：ChromTag作为一款轻量化、模块化、零代码的表观组分析平台，完美适配当下CUT&Tag与ChIP-seq的科研分析需求，大幅降低表观组数据挖掘门槛，是表观遗传、基因调控领域科研人员的实用利器，值得收藏试用！