FigureYa更新啦！借助学术的力量

太长不看版

最近小伙伴询问：“微店里的图怎么都下架了？换平台了吗？”

小丫答：“将作为研究论文发表，公开全部代码。”

代码放在Github，供全世界科研人员免费下载，而且是最近更新的版本。保留中文，添加了英文对照。还有缩略图，可检索。

https://github.com/ying-ge/FigureYa

2025年9月，FigureYa作为封面文章，发表于iMetaMed创刊号。

目前尚未有SCI影响因子，您的引用就是影响因子。

Xiaofan Lu, et al. (2025). FigureYa: A Standardized Visualization Framework for Enhancing Biomedical Data Interpretation and Research Efficiency. iMetaMed. https://doi.org/10.1002/imm3.70005 https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imm3.70005

感谢Dr. Mengyao Li of Southern Medical University洞悉FigureYa的价值和iMetaMed的使命，设计出了内涵深刻的封面。

FigureYa由来自51家单位的59位作者共同铸就，其中5位FigureYa作者因不方便署名或联系不到未出现在文章author list。一个都不能少，小丫在Acknowledgments里表表达了谢意。

华语圈先享受世界

2018年以前的你，画个热图都要好几天，找工具、看说明、调整输入文件格式、为达到某个效果到处搜解决方案，反复尝试。

一个人已经花费了几天时间，没必要每个画热图的人都投入时间重复这个过程。分享从输入文件、代码、注释到输出文件的全部工作，别人就可以很快套用到自己的数据上，就节约了众多科研人员的时间总和，加速他们的研究进展，因此而更早实现健康活到120岁也说不定。

有的人喜欢无偿分享，但不能要求每个人都这样做。有必要让分享时间、精力的人获得让他觉得值的回报，促进更多人分享他们的经验技能。于是小丫想到了众筹模式。

2018年4月21日，小丫拉Y叔和果子建立“小丫画图群”，小伙伴们热情参与，第一次就发起了3个FigureYa的众筹。Y叔第一个交作业，至今你仍能在FigureYa2ggtree+pheatmap+msa文件夹下看到那个ggtree_pheatmap_msa_cowplot.html文件，就是Y叔交付的解决方案。这种基于rmd文件生成html文件的方式，成为了日后FigureYa交付格式的基础。

2018年4月至2023年9月，我们众筹了323个FigureYa。

小伙伴提需求：“丫姐，希望能复现这篇文章的Figure 2A。”

小丫答：“好，我挂到知识星球，等小伙伴认领，完成初稿后会发起众筹。”

感谢提需求的小伙伴，是你们提出的好问题成就了FigureYa的价值。

小丫把这一点作为文章Highlight第一条——来自生物医学科研工作者的真实需求。

FigureYa帮你点点鼠标就能实现：准备输入文件，分析数据，生成发表级美化程度的矢量图PDF文件。“小丫画图，只画发表级！”

分析画图代码透明、环境版本信息透明，完美满足科研论文的可重复性要求。

据微店统计，FigureYa已被2870位科研人员使用。

感谢参与众筹的每一个人。没有纵向、横向Funding支持，仅凭众筹促成经验技能的分享。

小丫心中有个疑问：有谁早早入群、获得了FigureYa这个宝藏资源，还能像小丫一样，抵住诱惑、抗住压力，硬是没灌一篇水，非要忍到做出有价值的研究？

据小伙伴提供的可靠消息，截至2023年初，已用FigureYa发表了至少129篇研究论文。

FigureYa更新，借助学术的力量

第一个FigureYa至今已有7年，有的FigureYa会因R包升级等原因出问题，为了画某个图而去安装旧版本让我难受。这次我们借助学术的力量，Peng Luo请来5位小伙伴逐一检查，遇到跑不通的就想办法更新，解决了这一痛点。

Kailai和Anqi写的正文发掘出了FigureYa更深层的价值，值得一读。

欢迎更多小伙伴加入，更新已有的FigureYa、开发新的FigureYa，整合FIgureYa做大事。接下来的努力决定下一版本的FigureYa文章发表的期刊和作者排名。

当初Jianming跟我提议把FigureYa发布在小丫画图公众号上，每天发一个也够发一年啦！接下来Kailai会实现它，让小伙伴刷手机就能学习代码，找到画图灵感。

看到这里的都是真爱，送你一座博物馆。关注本公众号，回复“2023”，里面有2023年版本的FigureYa、不方便发邮件的大文件、重新加工的R包、每个FigureYa的参考文献。还有截至2023年初用FigureYa发表的研究论文，欢迎分享更多你发现的出现FigureYa的文章。

反馈互动

Github交流不便？没关系。微信公众号给我们开通了留言功能，您在使用FigureYa过程中遇到任何问题、建议，都可以来留言。

未来已来，AI助力

这个时代，只有想不到，没有学不着。

简单任务，例如画一个图，只需跟AI工具聊天，它就能帮你写出画图代码，还能提需求让它调整细节、帮忙debug。这个过程代替了搜索引擎，提高了效率。

对于FigureYa这种复杂的分析画图项目，AI是强大的辅助工具。小丫找Github Copilot Agent帮忙，为每个FigureYa写了R包安装脚本install_dependencies.R，在rmd里自动调用。让你不用为R包安装费神，已经装好的R包不再重装，遇到没装的帮你装好。还遇到了一些年久失修、作者弃更的R包，毕竟不是所有R包作者都像Y叔那样维护到老。保险起见，把R包拆开，把需要的函数R脚本放到FigureYa各自的文件夹里。rmd文件里标注了来源和引用信息，发文章记得引用哦！

带缩略图的网页也是小丫在Github Copilot的指导下做出来的。https://ying-ge.github.io/FigureYa/

在这个网页上能检索所有FigureYa的html文件。你想做相关性分析就搜“相关性”或“correlation”，想知道哪个FigureYa用到了AUCell包就搜“AUCell”。

2025年，你不再满足于一个图、一个分析，你要的是资源的整合。

当初有一位审稿人质疑：把FigureYa放到Github上，这对不懂代码的人来说不太友好。确实如此，这也是Github的缺点之一。

Github作为存储空间只是利用其强大功能的起点。把FigureYa放到Github上可以最大化地实现300多个FigureYa的价值。

小丫已经实现在GitHub上自动运行192个FigureYa（继续努力增加中），把它当服务器来用（开源项目免费）。你注册一个Github账户，点击Fork，瞬间把FigureYa仓库搬运到你自己的账号里，然后把输入文件换成你自己的，让Copilot Agent帮你对接适合的FigureYa，帮你修改输入文件格式，帮你输出结果报告，光想想就激动。

你敢想吗？随着AI发展，有了Agent助力，未来能整合这300多个FigureYa作出什么事来？

接下来小丫带你体验在Github上遨游FigureYa，我们视频号见。

至此，用许三多的那句话与大家共勉：“好好活，做有意义的事。”