TCGA数据叕不能下载了？？假！！

unsetunsetXENA下载TCGA数据unsetunset

最近碰到好多新手说不能从XENA下载TCGA的数据了，其实是可以的哈，只是下载页面变了而已！

现在需要来到这个网址：https://xenabrowser.net/datapages/

然后选择你需要的数据即可，有GDC TCGA的，也有TCGA的，没啥太大的区别，自己选一个喜欢就行了：

比如选一个GDC TCGA Breast Cancer (BRCA)，我如果要下载gene expression RNAseq中的STAR - Counts：

这个STAR - Counts点进去就有下载地址了：

还是熟悉的界面，完全没变化哈。

unsetunset1行代码下载unsetunset

但是这种方法下载的数据还是需要你自己整理的哈，对于新手来说还是很痛苦的，对于高手来说都是很简单的几行代码而已。所以对于初学者我还是推荐1行代码的下载方法哈。首先是安装easyTCGA这个R包：

### 先安装依赖包

# 安装bioconductor上面的R包
# 首先要改镜像，下面是清华的镜像，有时会有问题，可更改其他镜像试试（自己百度下喽~）
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
if(!require("BiocManager")) install.packages("BiocManager")
if(!require("TCGAbiolinks")) BiocManager::install("TCGAbiolinks")
if(!require("SummarizedExperiment")) BiocManager::install("SummarizedExperiment")
if(!require("DESeq2")) BiocManager::install("DESeq2")
if(!require("edgeR")) BiocManager::install("edgeR")
if(!require("limma")) BiocManager::install("limma")

# 安装cran上面的R包
if(!require("survival")) install.packages("survival")
if(!require("broom")) install.packages("broom")
if(!require("devtools")) install.packages("devtools")
if(!require("reshape2")) install.packages("reshape2")
if(!require("data.table")) install.packages("data.table")
if(!require("ggplot2")) install.packages("ggplot2")
if(!require("ggpubr")) install.packages("ggpubr")

### 再安装easyTCGA，对你的网络有要求
devtools::install_github("ayueme/easyTCGA")

如果你要下载TCGA-MESO的基因表达数据，直接就是2行代码搞定：

library(easyTCGA)
getmrnaexpr("TCGA-MESO")

它会帮你做一下事情：

• 自动下载并整理mRNA和lncRNA的counts，tpm，fpkm共6种表达矩阵（直接从官网的原始数据提取，未进行任何修改，所以是没有经过log转换的），以及对应的临床信息，临床信息样本顺序和表达矩阵样本顺序完全一致，无需再次整理；
• 自动保存以上6种表达矩阵和临床信息到当前工作目录下的output_mRNA_lncRNA_expr文件夹下，并且同时保存rdata和csv两种文件格式，关于这个临床信息，其实非常复杂，我专门写了一篇推文解释，大家请移步：TCGA临床数据（化疗数据、用药反应等）和生存信息（4种临床结局）整理
  • TCGA-XXX_SummarizedExperiment.rdata: SummarizedExperiment object, all the other files are extracted from this object.
  • TCGA-XXX_clinicalSE.rdata: indexed clinical information extracted from the SummarizedExperiment object.
  • TCGA-XXX_gene_info.rdata: gene information, including HGNC Gene Symbol, Ensembl ID, gene type, eta.
  • TCGA-XXX_mrna_expr_count.rdata: mRNA count expression matrix
  • TCGA-XXX_mrna_expr_tpm.rdata: mRNA tpm expression matrix
  • TCGA-XXX_mrna_expr_fpkm.rdata: mRNA fpkm expression matrix
  • TCGA-XXX_lncrna_expr_count.rdata: lncRNA count expression matrix
  • TCGA-XXX_lncrna_expr_tpm.rdata: lncRNA tpm expression matrix
  • TCGA-XXX_lncrna_expr_fpkm.rdata: lncRNA fpkm expression matrix
• 下载的数据为最新数据，和GDC TCGA官网保持一致
• lncRNA鉴别参考权威网站的方法：Biotypes (ensembl.org)

以我的网络情况不到1分钟就完成了：

但是总有人会因为网络问题而下载失败，甚至连R包也无法安装，那就没办法啦，网络问题我也帮不了你。

还有一些人会因为依赖包版本问题导致出错，所以我直接贴出我的R包版本，我使用的R版本是4.5.0，你用的4.5.1也不影响：

三连一下，感谢支持