R4.5.0新增特性一览！

医学和生信笔记

发布于 2026-03-17 17:27:26

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R语言4.5.0版本已经于2025.4.11日发布，以下是一些新的特性：

按照 Michael Chirico 的 PR#18696 提议，as.integer(rl) 以及 as.raw(rl) 现在可用于处理由 raw(1) 元素构成的列表。
graphics 包中的 grid() 函数新增了可选参数 nintLog。
tools 包新增了 check_package_urls() 和 check_package_dois() 函数，用于检查包源中的 URL 和 DOI。
由 Spencer Graves 在 R-devel 上提议，为类 “ts” 时间序列新增了 head() 和 tail() 方法。
新增 qr.influence() 函数，它是 lm.influence() 留一法诊断计算的 “基础” 接口，这在 PR#18739 中被提出。
现在从包元数据自动生成的 citation() 包结果，也会为 CRAN 和 Bioconductor 包提供 DOI。
新增 grepv() 函数，它与 grep() 相同，只是默认值 value = TRUE。
当泛型函数和方法都未导出时，methods(<pkg>:::<genfun>) 现在也会报告方法。
pdf() 函数新增了 author 参数用于设置相应的元数据字段，同时新增逻辑参数 timestamp 和 producer 用于选择性地省略各自的元数据（感谢 Edzer Pebesma）。
grDevices::glyphInfo() 函数新增了 rot 参数，可实现逐个字形的旋转（感谢 Daniel Sabanes Bove）。
tools 包现在导出了 CRAN_current_db()、CRAN_aliases_db()、CRAN_rdxrefs_db()、CRAN_archive_db() 和 CRAN_authors_db() 函数。
tools 包现在导出了 R() 和 parse_URI_reference() 函数。
tools 包现在导出了 base_aliases_db() 和 base_rdxrefs_db() 函数。
现在可以在 Windows 系统的 Rgui 数据编辑器中设置行名和列名的背景颜色。
Windows 系统下的 Rterm 现在可接受任意长度的输入行。
Windows 系统下的 file.info() 函数现在会提供文件所有者的名称和域。
Windows 系统下的 Sys.info() 函数现在会提供当前用户的域。
findInterval() 函数新增了 checkSorted 和 checkNA 参数，可跳过相对耗时的检查，这与 PR#16567 相关。
pnorm(x) 函数在出现下溢时表现更优雅。
get(nam, env) 现在会发出一个分类错误 “getMissingError”，它是 “missingArgError” 的 “子类”，后者也用于类似情况，例如 f <- function(x) exp(x); try(f())。
集合操作现在对于同类且看似向量的操作数，会避免进行 as.vector() 转换。
md5sum() 函数可通过使用 bytes= 参数而非 files= 参数来计算原始字节向量的 MD5 哈希值，这两个参数互斥。
tools 包新增了与 md5sum() 类似的 sha256sum() 函数，用于实现 SHA - 256 哈希算法。
得益于 Ivan Krylov 提供的补丁，类 “AsIs” 的 xtfrm() 方法现在速度大幅提升。
数据框的 merge() 方法不再使用 I() 转换用于索引的行名，当 sort = TRUE 且 all.x 和 / 或 all.y 设置为 TRUE 时，执行速度会更快。
methods 包的内部函数 .requirePackage() 现在调用 requireNamespace(p) 而非 require(p)，因此在需要方法或类定义时，不再将包添加到 search() 路径中。因此，依赖旧行为的工作流程需要通过添加相应的 library(p) 调用来修改。
更多 R 级别的消息采用包含 “字符串” 的通用格式，以提高一致性并减少翻译工作量。
available.packages() 和 install.packages() 函数新增了可选开关 cache_user_dir，此功能处于实验阶段。
sunspot.month 数据集已更新到 2024 年 10 月，由于重新校准，历史数据也发生了变化，为保证可重复性，将之前的数据保留为 sunspot.m2014。
quartz() 设备现在支持 alpha 掩码（感谢 George Stagg、Gwynn Gebeyhu、Heather Turner 和 Tomek Gieorgijewski）。
日期时间对象（POSIX.t）的 print() 方法新增了可选参数 digits 用于处理小数秒，该参数会传递给改进后的 format.POSIXlt() 函数，因此 print(<date.time>, digits = n) 可打印出小数秒。
install.packages() 和 download.packages() 函数使用 libcurl 同时下载多个包，显著缩短了安装或下载多个包的时间。
download.file() 函数的状态报告功能得到扩展，可报告同时下载时各个文件的下载结果。
Rd 的 ⁠\link⁠ 宏现在当主题由可选参数指定时，允许在链接文本中使用标记，例如 ⁠\link[=gamma]{\eqn{\Gamma(x)}}⁠。
若 La_library() 为空，sessionInfo() 在 La_version() 可用时仍会报告其信息。
当 |by| = 1 时，seq.int(from, to, by, ....) 的行为与省略 by 参数时相同，因此返回 from:to，可能为整数类型。
得益于 Michael Chirico 在 PR#17672 中的报告和补丁提议以及 “R Dev Day” 的贡献，seq.Date(from, to, by, ....) 和 seq.POSIXt(..) 在 from 参数缺失但提供了足够其他参数时也能正常工作。
当 by 参数缺失时，Date 方法在 seq(from, to) 中也能工作，且 by 默认值为 “1 days”。
现在文档记录（并测试）了在两种 seq 方法中，by 字符串可以缩写。
这两种方法现在更一致地返回或保留内部类型 “integer”，而且 as.POSIXct({}) 内部为整数类型。
duplicated()、unique() 和 anyDuplicated() 函数现在也可用于类表达式向量。
新增 use() 函数，用于在 R 脚本中使用包，并能完全控制添加到搜索路径的内容（实际上自 R 4.4.0 起就已可用）。
tar() 和 untar() 函数对 tar 包的 zstd 压缩提供了一定支持（这依赖于操作系统对 libzstd 或 tar 的支持）。
print(summary(<numbers>)) 新增了可选参数 zdigits，以实现更灵活和一致的（双精度）四舍五入。当前默认值 zdigits = 4L 处于实验阶段，同时指定 digits = * 和 zdigits = * 可使行为不受全局 digits 选项的影响。
“difftime” 对象的 format() 方法新增了向后兼容的选项 with.units。
为 “difftime” 对象新增了 summary() 方法，其输出格式良好，与 “Date” 和 “POSIXct” 对象的类似。
unique() 函数的默认方法现在也可处理 “difftime” 对象。
当 f(x) 非有限值时，optimize(f, *) 函数在警告信息中会更多地提及该值，且不再用最大正有限数替换 -Inf。
得益于 PR#18677 贡献者，gamma() 和 is.numeric() 函数的文档更详细。
得益于 Heather Turner 和 Ella Kaye，新增了 gait 数据集，用于示例。
得益于 Ella Kaye、Heather Turner 和 Kristen Gorman，新增了 penguins 和 penguins_raw 数据集。
isSymmetric(<matrix>) 函数新增了选项 trans = "C"，当设置为非默认值时，可测试复矩阵的 “简单” 对称性。
得益于 Ben Bolker 的 PR#18860，model.frame() 函数在某些情况下，当公式中的变量未找到时，会生成更具信息性的错误消息。
当函数属于组泛型且方法是针对泛型时，selectMethod(f, ..) 函数现在会保留函数名。