How to | 知道单倍型+表型数据，如何做显著性分析可视化

大家好，我是邓飞，今天介绍一下，知道群体的单倍型数据，知道群体的表型数据，如何计算单倍型和表型数据的显著性分析，以及做一个小提琴图？

1，准备单倍型群体的vcf文件

将单倍型，按照区间，提取群体的vcf文件，如下：

2，整理表型数据的txt文件

如下：

3，使用R包geneHapR

如下：

4，读取vcf文件

如下：

5，读取表型数据

如下：

6，计算群体的单倍型（具体到个体）

如下：

7，将群体的单倍型数据保存到本地

如下：

8，单倍型和表型的显著性分析可视化

如下：

图表：

有结果可以得出，H001的单倍型的y1表现比H002的单倍型要好，H001是优势单倍型。群体中共有119个H001,9个H002。

示例数据和代码：

数据和代码放到星球上面了：

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