进化树分析直接上传数据，很快的

邓飞

发布于 2026-03-12 17:46:43

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大家好，我是邓飞。

之前计划写群体结构三剑客的博文，写了两篇了：

群体遗传三剑客第一剑：主成分分析PCA

群体遗传三剑客第二篇：Admixture群体结构分析

线上直接上传数据做进化树：

https://asreml.cn/population-genetics/phylogenetic

准备数据：plink的二进制文件，如果有分组数据也可以准备。

上传对应格式的数据：

查看结果：

结果中有原始的nwk文件，还有遗传距离文件以及两个图，下载到本地：

结果：

效果很好。

如果想要自己分析，操作方法如下：

软件：MEGA和ggtree。注意，MEGA这里用的是Linux版本的命令行megacc，ggtree是R包，主要用于可视化。

软件介绍：

MEGACC 是 MEGA 的命令行版本，能在无图形界面的环境里进行进化分析，软件地址：https://www.megasoftware.net/

ggtree是Y叔开发的R包，主要用于进化树结果的可视化，软件地址：https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/ggtree.html

plink格式的数据进化树分析步骤：

1，计算亲缘关系距离矩阵

plink --file aa --allow-extra-chr--chr-set60--distance1-ibs square flat-missing --genome--out IBSdis

2，整理结果

将id结果和亲缘关系结果分别整理为megacc支持的格式：

id名称格式：

亲缘关系矩阵格式：

3，将上面的两个文件整理为megacc支持的格式

上面是ID信息，下面是半三角的关系矩阵：

4，使用megacc计算进化树，得到nwk文件

megacc -a infer_NJ_distances.mao -d ibs_dismatrix.meg -o mega_IBSout

5，使用ggtree绘制进化树

library(ggtree)
tree = read.tree("mega_IBSout.nwk")

# 正常的图
tiff("tree1_plot.tiff",width = 12, height = 8, units = "in",compression = "lzw",res=300)
ggtree(tree, ladderize = FALSE, branch.length = "none") + geom_tiplab2(size=.1) + theme(legend.position = "right")
dev.off()
# 圆圈图
tiff("tree2_plot.tiff",width = 12, height = 8, units = "in",compression = "lzw",res=300)
ggtree(tree, layout="fan", ladderize = FALSE, branch.length = "none") + geom_tiplab2(size=.3) + theme(legend.position = "right")
dev.off()

结果：