Cellphonedb单细胞互作分析数据库更新及自定义

KS科研分享与服务-TS的美梦

发布于 2026-03-10 12:05:51

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前言：

如果你的见解和我有出入，请不要妄自菲薄，盲目相信，也需要正确的质疑！

我们之前说了cellchat的数据库更新。很显然，我们也会感兴趣，能不能更新cellphonedb的数据库，或者说将cellchat受配体添加入cpdb。当然是可以的，也是比较简单的，为了方便大家更加清晰的理解，我们也制作了视频，参考B站：

Cellphonedb修改/添加数据库也是比较简单的。三步搞定（cpdb数据库和cellchat一样，只需要修改文件，就可以达到修改的目的）第一：下载cpdb原始数据库；第二：在input文件中按照格式要求添加新的interaction ；第三：重建cpdb分析数据库。其实这个代码操作并不麻烦，只需要一个函数，只是中间文件构建比较费工夫；

import pandas as pd
import glob
import os

#我们这里用最新的，定义cpdb的版本为5.0. 并下载database。
cpdb_version = 'v5.0.0'
cpdb_target_dir = os.path.join('./', cpdb_version)

from cellphonedb.utils import db_utils
db_utils.download_database(cpdb_target_dir, cpdb_version)

下载cpdb数据库，按照要求整理格式，然后bulid即可：

#下载后文件夹除了一个zip文件之外，我们得到了6格csv文件，这也是我们如果需要修改cpdb的时候操作的文件
#修改就在excel中手动修改就行了
from cellphonedb.utils import db_utils

cpdb_input_dir = "./re-bulid/"

db_utils.create_db(cpdb_input_dir)
# Created ./re-bulid/cellphonedb_07_25_2024_191116.zip successfully

%%bash
cd re-bulid/
ls -lh
-rw-rw-r-- 1 ks_ts ks_ts 117K Jul 25 19:11 cellphonedb_07_25_2024_191116.zip
-rw-rw-r-- 1 ks_ts ks_ts  56K Jul 25 19:10 complex_input.csv
-rw-rw-r-- 1 ks_ts ks_ts  64K Jul 25 19:10 gene_input.csv
-rw-rw-r-- 1 ks_ts ks_ts 497K Jul 25 19:10 interaction_input.csv
-rw-rw-r-- 1 ks_ts ks_ts 156K Jul 25 19:10 protein_input.csv
drwxrwxr-x 2 ks_ts ks_ts 4.0K Jul 25 19:10 sources

这样就完成了，但是这样介绍就结束了，多多少少是有点水的，因为cellchat中有些LR在cellphonedb中并没有，所以我想着将两者合并，这样就形成一个新的数据库，LR会多一点，所以将cellchat数据库合并进来，这才是我们的目的。准备文件的过程比较复杂，需要代码和手动结合整理，总之熬肝花费了一番功夫之后，我们还是成功构建了，并且对构建的数据库进行了测试，跑流程也是没有问题的！我们可以对比一下结果，发现新构建数据库结果中互作数增加了：如果后续有自己感兴趣的LR需要添加，只需要加入input文件进行再构建即可！