JASPAR分析转录因子与某基因启动子的结合位点及MUT位点

JASPAR分析转录因子与某基因启动子的结合位点及MUT位点

最近实验室有个分析需求，要求用JASPAR数据库预测转录因子Sox18与Itch 结合位点（物种：小鼠），需要Itch的启动子区域以及突变后的序列。

如何方便的获取某基因的启动子序列，以及使用JASPAR预测，我已经在之前的帖子中详细记录了

数据挖掘—UCSC中获取某基因的启动子序列及基因结构剖析,

这里主要介绍下，如何找MUT位点，以及后续验证（MUT位点可使用chatgpt辅助，但突变后的序列需通过验证即可）

1.Itch启动子序列获取

• UCSC数据库中检索“Itch”（Mouse），将转录起始位点（TSS）前2000bp序列作为启动子序列（根据基因位于“+”链或“-”链上，向前或向后取2000bp）
• “Itch”位于“+”链

2.结合位点预测

• JASPAR 数据库中获取“Sox18” (MA1563.2) 的核心矩阵（人鼠相同），使用上述启动子 FASTA 序列，设置 Relative profile score threshold = 80% 进行扫描

• 综合考虑转录起始位点（TSS）最近的位点和Relative score 较高的位点，选择以下位点

• 使用snapgene进行展示

3.Itch-MUT位点

• 2中分析得到其结合位点为WT:5′- AAC AAT AA -3′
• 该位点评分极高，且含有SOX 核心：CAA，距离TSS位点近，结果理想
• MUT位点设计，遵循完全破坏 SOX（HMG-box），不引入新的 TF motif，AT 含量变化合理的原则进行，将“CAA”改为“TTT”MUT: 5′- AAT TTT AA -3′

• 验证：将突变后的序列重新使用JASPAR，设置 Relative profile score threshold = 80% 进行扫描，发现1252–1259 这个位点完全消失，且没有接近原位点强度的替代位点，该序列有效

4.相关文件说明

#WT:Itch启动子序列fasta文件，其中小写字母为TSS前2000bp序列，作为启动子区域；大写字母为5‘UTR区域
sup/WT_Itch_promoter_5'UTR.fasta'
#WT:Itch启动子序列,可使用snapgene打开，其中标注了结合位点（可忽略）
sup/WT_Itch_promoter_5'UTR.dna'
#MUT:Itch启动子序列fasta文件，其中小写字母为TSS前2000bp序列，作为启动子区域；大写字母为5‘UTR区域
sup/MUT_Itch_promoter_5'UTR.fasta'
#MUT:Itch启动子序列,可使用snapgene打开，其中标注了结合位点（可忽略）
sup/MUT_Itch_promoter_5'UTR.dna'