单细胞绘图Figure1 素材积累

本篇[1]主要介绍一下scRNA中Figure1的一个展示版本，首先直接展示到大类，然后分别展示亚类内容。没有采取聚类分群之后的所有类来直接展示，避免了分群不充分的困扰。

metaso总结

metaso总结

Figure 1 主图展示

Fig. 1. Single-cell atlas of expression and chromatin accessibility in CRC development.

Fig. 1. Single-cell atlas of expression and chromatin accessibility in CRC development.

有无家族性腺瘤性息肉病的供体获取正常/未受影响的结肠组织、息肉、结肠癌组织样本。

1.按照上皮细胞、基质细胞、免疫细胞3个大类进行展示

大类展示

大类展示

2.免疫细胞展示

UMAP

UMAP

比例图

比例图

3.基质细胞UMAP展示

UMAP

UMAP

比例图

比例图

Extended Data Figure 1

质控和注释：Quality control and annotation of single-cell datasets.

TSS\线粒体\UMI质控

TSS\线粒体\UMI质控

免疫细胞标记基因

免疫细胞标记基因

免疫细胞SingleR注释

免疫细胞SingleR注释

基质细胞标记基因

基质细胞标记基因

联合样本的CCA整合

联合样本的CCA整合

基质细胞的harmony整合

基质细胞的harmony整合

不同状态（疾病或分离方法）与上皮细胞比例

不同状态（疾病或分离方法）与上皮细胞比例

Extended Data Figure 2

本研究样本的细胞组成。

基线数据

基线数据

不同样本免疫细胞比例

不同样本免疫细胞比例

不同样本基质细胞比例

不同样本基质细胞比例

参考资料

[1]

单细胞分析揭示息肉恶变过程中的细胞状态与组成连续变化: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35726067/