The SLE Project:一个探索SLE干扰素刺激免疫细胞基因表达数据库

前言

系统性红斑狼疮（SLE）是一种无法治愈的自身免疫性疾病，主要影响女性。寻找SLE靶向治疗的主要障碍是其临床表现的显著异质性以及不同细胞类型的参与。为了确定细胞特异性靶点以及不同细胞类型表达程序之间的相互关联关系，我们在这里分析了来自6个分类免疫细胞群（15例SLE， 10例健康供者）的血液中的六种主要循环免疫细胞类型，B细胞，循环DC细胞，循环单核细胞cMO，外周DC细胞(pDC)，多型中性粒细胞PMN以及T细胞RNA-seq数据，。并将SLE患者根据干扰素表达高低将患者分为两组（IFNneg和IFNpos）。根据患者SLEDAI 得分分为三个不同的类别：DA1 (0-2), DA2（3-7）和DA3 （> 7）,进行差异基因表达分析。然后，我们开发了加权基因共表达分析（WGCNA）框架的多细胞类型扩展，称为mWGCNA，我们在所有细胞类型中发现了干扰素刺激基因（ISGs）的共表达模块，所有这些都反过来与IFN阳性患者的疾病严重程度相关。研究结果揭示SLE中细胞类型之间的新相互关联，并对其他自身免疫性疾病产生影响。

相关链接

The SLE Project网站：https://ay-lab-tools.lji.org/sle/index.php

GEO数据库链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE149050

相关文献：Panwar B, Schmiedel BJ, Liang S, White B et al. Multi-cell type gene coexpression network analysis reveals coordinated interferon response and cross-cell type correlations in systemic lupus erythematosus. Genome Res 2021 Apr;31(4):659-676. PMID: 33674349

The SLE Project 网站介绍

1.查看基因在不同免疫细胞中的表达：登录网站后，在输入框输入目的基因如干扰素刺激基因IFI44，点击运行按钮RUN，在图片框便可出现IFI44在健康人群与SLE患者血液细胞（B细胞，循环DC细胞，循环单核细胞cMO，外周DC细胞(pDC)，多型中性粒细胞PMN以及T细胞）干扰素高低表达患者组之间不同SLEDAI疾病指数之间基因表达情况。图片可下载为PDF格式。另外，点击GeneCard（基因注释）,DICE（在免疫细胞中表达）,GETX（不同组织中表达）,ProteinAtlas（蛋白组数据库）,UCSC,Drugbank（药物）可以查看该基因的相关功能表达等情况。

２.下载基因表达相关文件：在网页底部是下载链接。可以下载TPM标化后的表达谱数据、SLEvsHC 差异基因数据、干扰素高低组差异基因、细胞类型间差异基因、多细胞加权基因共表达分析结果以及GEO数据链接。

SLE相关网站：

【系统性红斑狼疮研究】SYSCID：一个总结了SLE、RA和IBD分子机制图形交互式网站

【免疫网站推荐】ADEX：自身免疫性疾病基因甲基化与表达数据库