day5 今日内容：作图/拼图/存图

今日内容：作图/拼图/存图

1、常用可视化R包和函数

作图包：ggplot2 ggpubr base

拼图：patch work；par里的mfrow;grid.arrange;cowplot

导出：1\经典三段论 2、ggsave 3/eoffice包-topptx函数

2、基础包绘图函数

高级绘图函数

plot 多种图

hist 频率直方图

boxplot 箱线图

stripchart 点图

barplot 柱状图

piechart 饼图

matplot 数字图形

低级绘图函数

lines 添加线

curve 添加曲线

abline 添加给定斜率的线

points 添加点

segments 折线

arrows 箭头

axis 坐标轴

box 外框

title 标题

text 文字

3、ggplot2语法

<引用自生信技能树

R语言ggplot2 包中所有绘图函数以geom开头

括号是函数的边界，在谁的括号里，就是谁的参数

所谓映射是需要根据实际属性（数据）设置不同颜色

自行设定颜色操作如下：

必须要有color=具体列名 的代码，否则软件不会报错，只会产生全黑没有颜色的图，如下

#正确代码：
ggplot(data = iris)+
+   geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,
+                            y = Petal.Length,
+                            color = Species))+
+   scale_color_manual(values = c("blue","grey","red"))
#错误代码：
geom_point(mapping = aes(x = Sepal.Length,
+                            y = Petal.Length))+
+   scale_color_manual(values = c("blue","grey","red"))

4.颜色设置之学习高分文献的配色：

4.1取色器取色

具体流程：使用snipase软件（fn+f1截图)——>C键复制别人的颜色值 #bb071e

4.2 用配色包

5、几何对象

可以分别写函数画点图+画平滑曲线图（下图1）

全局观念：先定义数据和横纵坐标，在写两个函数（下图1）

图1

mapping和aes都是模版的一部分

position="jitter"

tips:作图后没看到的图片可能在哪里：1/变量里 2/plot里 3/文件里

以上图片引用自生信技能树