【问题解决】BRIG：原核生物比较基因组圈图绘制

有项目需要用到BRIG软件画圈图。这软件虽然发表于10多年前，并且已经不再更新。但现在依然受到不少人的欢迎。可能是因为其提供桌面UI界面，对新手小白友好的缘故。

BRIG出图示例：

软件下载

• BRIG下载

https://sourceforge.net/projects/brig/

最近版本为：BRIG-0.95

• java下载

BRIG由java开发，因为需要电脑上安装java。

https://www.oracle.com/java/technologies/downloads/?er=221886

网上有人说需要 java 1.6，经测试，这不是必须的，下载安装最新的 JDK 24 即可。

• BLAST+下载

https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/

下载最新的 blast+ 压缩包，解压后即可使用，无需额外安装。

软件使用

可以参考 BRIG 自带的使用文档，或者参考网上的一些教程:

科研干货 | BRIG绘制原核生物比较基因组圈图

BRIG:比较基因组圈图展示神器

brig：比较基因组圈图绘制工具

BRIG:比较基因组并绘制圈图简易指南 - 风白君 - 博客园

BRIG∣原核生物比较基因组圈图展示神器 - 生信人

注意事项

1、关于参考基因组格式

已知 fasta 和 Genbank 格式的参考基因组都可以。

2、为什么除了 GC Skew 和 GC content，其他基因组圈图不显示？

可能是因为基因组是由多个 contigs 组成的，将 contigs 合并成一条假的染色体就可以了。 可以用在线工具实现。

• 进入网站：usegalaxy.cn
• 搜索工具：pseudo，在结果中找到：Pseudo Chromosome Maker
  • 输入FASTA文件
  • 填写合并后的染色体名称，以及用于连接不同contig之间的字符串，通常是N的多次重复，如连续10个N：NNNNNNNNNN
  • 点击“运行工具”

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