raincloud云雨图：一图囊括小提琴+箱线图+散点图

生信菜鸟团

发布于 2025-03-17 20:56:21

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最近在搜集好看的图的时候，看到了一幅下面这样的图：

图来自文献：《Benzo[a]pyrene stress impacts adaptive strategies and ecological functions of earthworm intestinal viromes》。

简单搜索了一下，这种图因为上部分的密度曲线像一朵云，下面的三点像云层下面下着的雨，形象的叫云雨图！

它用于展示多个数据集的分布：结合了小提琴展示的数据密度区域，箱线图展示的四分位数，以及散点图展示的具体的每一个点的分布！

又学到了~

图注：

Fig. 3 Composition and lifestyle of earthworm gut virome. G Abundance (Log10 RPKM) of prophage.

学习绘制

搜了一个学习资料：

https://jtr13.github.io/cc21fall2/raincloud-plot-101-density-plot-or-boxplotwhy-not-do-both.html

下面来看看怎么绘制吧！

首先需要安装包

半个扁平的小提琴来自包：https://github.com/PsyTeachR/introdataviz, 后面用到的函数为：geom_flat_violin

# you may have to install devtools first with 
# install.packages("devtools")

devtools::install_github("psyteachr/introdataviz")
library(introdataviz)

加载一下其他所需要的包：

library(tidyverse)
library(magrittr)
library(ggplot2)
library(reshape2)
library(ggsci)

读取数据

我这里用了一个基因表达矩阵，每一行为一个基因，每一列为一个样本：示例数据可以找我，微信：Biotree123，后面放到github上面：https://github.com/zhangj1115/example_data

df <- read.table("Expression.txt",header = T,sep = "\t",row.names = 1,comment.char = "")
df <- df[1:1000, ] # 这里区前1000行，只是为了画图好看，用所有的时候画出来的比较丑！
head(df)
df <- log2(df+1)
# variable.name：melt操作后，为新列变量取名
# value.name：新列对应值的变量名
data <- melt(df, variable.name="sample", value.name="expression")
head(data)

# head(data)
# sample expression
# 1 SRR1039508   5.083578
# 2 SRR1039508   4.562775
# 3 SRR1039508   3.765664
# 4 SRR1039508   1.966421
# 5 SRR1039508   7.308919
# 6 SRR1039508   6.138571

设置颜色：

JACE_COLOR <- c("#FF5A5F", "#FFB400", "#007A87", 
                "#8CE071", "#7B0051", "#00D1C1", "#FFAA91", "#B4A76C", 
                "#9CA299", "#565A5C", "#00A04B", "#E54C20")

使用ggplot2绘图

p <- ggplot(data = data, aes(x = sample, y = expression,  fill = sample) ) +
  geom_flat_violin(position = position_nudge(x = 0.3, y = 0), alpha = 0.5) +  # 半小提琴图：introdataviz
  geom_point(aes(y = expression, color = sample ),       # 散点图
             position = position_jitter(width = 0.1), 
             size = 0.5, alpha = 0.1) +  
  geom_boxplot(width = 0.1, outlier.shape = NA, alpha = 0.8) + # 箱线图
  labs(y = "expression", x = NULL) + # 设置标题
  guides(fill = FALSE, color = FALSE) + # 删除图例
  scale_y_continuous(limits = c(0, 18)) + # 设置 y 轴范围
# 颜色
  scale_fill_manual(values = JACE_COLOR[1:8]) +
  scale_colour_manual(values = JACE_COLOR[1:8]) + 
  coord_flip() +
  theme_bw() 
p

结果如下：