两蛋白间的分子对接—2

两蛋白间的分子对接—2

1 与Chatgpt之间的对话

需要进行的是SFN和HDAC6两蛋白分子的对接，思路是

Uniprot数据库中检索SFN与HDAC6蛋白质，挑选分别率最佳的构象。SFN对应PDB数据库中3IQU，HDAC6对应PDB数据库中5B8D。使用HDOCK进行分子对接，挑选最佳对接结果导入PYMOL进行可视化。

这是我上一篇分子对接帖子的实现思路，但是是有问题的，在 选择构象的时候，未关注到结构的完整性，在分子对接前需要对分子进行处理，如去除多余配体，水分子等，再进行分子对接 。

以下记录和chatgpt的对话：

2 优化后的分析流程

具体看最后一条与chatgpt之间的对话

现在的分析流程是下载AF-Q9UBN7-F1、AF-P31947-F1 的PDB文件，不需要去除水分子和多余配体，因为AlphaFold预测的结构中不含有。使用HDOCK进行分子对接，HDAC6结构为受体，SFN为配体。

对接结果

3 导入pymol进行可视化

将RANK1 导入pymol进行可视化，主要操作是现实受体的5A活性口袋，然后把对应的棍状结构和氨基酸残基显示即可。