Cytoscape从安装到应用cytoHubba、GlueGO​寻找hub基因和做富集分析

1.软件下载安装 https://cytoscape.org/

点击下载后会跳转到下面页面：

当前页面的提示，Cytoscape依赖于Java12，安装的时候会自动安装，如果没有安装成功，需要点击here，下载Java安装。下面是下载安装包后点安装包的提示，没有安装JAVA，就必须点击download下载。

下载后会继续弹出进一步的安装界面。

点击下一步即可。

选择接受协议，并点击下一步。

选择安装目录。点击下一步。

安装完成后，点击桌面图标，会进行初始化。

2.安装插件

比如：cytoHubba和GlueGO。

检索要安装的插件：

3.使用cytoHubba筛选hub基因

这里用string数据库工具做的蛋白互作，下载网络文件：

导入网络文件。

点击calculate后，下面下面的选项就可选了，而calculate变成灰色。

选择hubba nodes算法：

选择后，勾选top，top默认为10，自己设置，也就是整个网络中重要性或者连通度靠前的多少个。

比如，设置前20，点击submit后的结果：

可以通过菜单栏的layout选择你想要的布局。

或者自己通过该软件自己优化美观。网络图弄好后，就可以导出图片或者网络文件了。

左侧的数据也可以保存。

4. 使用GlueGO做富集分析

安装GlueGO后在app找到插件。

然后点击开始：

但是，如果基因太多，可能会导致节点太多，网络复杂，也不是很美观。