Day3：通过Miniconda为Linux安装程序

Linux中安装和管理软件的教程总结

1. Conda的介绍

Conda类似于Linux的应用商店，一个方便的软件管理工具，适用于生物信息学软件，建议使用Miniconda

2. 安装Miniconda

• 通过搜索“miniconda 清华”来找到清华大学的Conda镜像网站，以便更快地下载。
• 使用uname -a确定服务器的位数（64/32），选择相应的Miniconda版本
• 使用cd 路径转到想要安装程序的路径
• 使用wget后接复制下来的下载链接，下载Miniconda安装脚本。
• 运行下载好的脚本bash Miniconda3-版本号-Linux-x86\_64.sh进行安装
• 遵循提示完成安装，看到Thank you for installing XXX表示成功安装
• 安装完成后，运行source ~/.bashrc来激活Conda。

3. 配置Conda镜像

为了提高下载速度，建议配置国内镜像，如北外镜像。这可以通过一系列的conda config命令来完成：

# 使用北外的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

4. 使用Conda

• 查看已安装的软件：conda list。
• 安装新软件：例如，conda install fastqc -y或conda install fastqc=版本号 -y
• 检查软件是否安装成功：运行fastqc --help，成功则有大段文字。
• 卸载软件：conda remove fastqc -y。

5. Conda环境

不同的生信项目需要不同版本的软件“分身”“环境”

• 查看当前conda有哪些环境conda info --envs
• 建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
• 再次查看一下我们的conda环境：conda info --envs
• 激活新的conda环境：conda activate rna-seq
• 在用户名root前面出现了(rna-seq)输入fastqc试试，如果出现一大片信息就可以使用了
• 退出当前环境conda deactivate

强调学习Linux和使用命令行的重要性，放弃图形界面的思维，适应命令行操作。