Day6-学习R包

什么是R包？

• R包是多个函数的集合，编码和样本数据的集合，或者通俗讲，R包相当于R的插件（有可能不准确）
• 存放位置：名为”library“的目录下
• 必要性：丰富的图表和Biocductor上面的各种生信分析需要R包
• 以dplyr为例

安装和加载R包

• 镜像设置，（直接高级设置安排）
  

引用自生信星球

• 安装

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) 
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") 
install.packages("dplyr")

• 加载

library(dplyr)

• 指定数据

test <- iris[c(1:2,51:52,101:102),]

dplyr五个基础函数

1. 新增列，mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)
2. 按列筛选，select(test,c(1,5))或者select(test, Petal.Length, Petal.Width)
3. 筛选行，filter(test, Species == "setosa")
4. 按某1列或某几列对整个表格进行排序，arrange(test, Sepal.Length)
5. 汇总，对数据进行汇总操作，summarise(test, mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))

dplyr的两个技能

• 管道操作，相当于linux的管道符｜
• count统计某列的unique值 count(test,Species)

dplyr处理关系数据

• 内连取交集，inner_jion
• 左连left_join
• 全连full_jion
• 半连接，返回能够与y表匹配的x表所有记录semi_join
• 返连接，返回无法与y表匹配的x表的所记录anti_joinjoin
• 简单合并，cbind函数和rbind函数