Day3-linux环境下的软件安装

什么是conda？什么是miniconda？

• conda相当于app store，里面有很多软件可以下载供用户使用
• 分类：conda，anaconda，miniconda

1. conda：大boss，包含了流行科学计算数据分析的python包，即是一个有很多领域软件包的管理器
2. anaconda：是个总管
3. miniconda：是个区域经理，负责生信领域

下载miniconda程序包至服务器

• 首先，查看服务器位数，选择合适的版本uname -a
• 进入链接，https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/ ，选择安装在linux系统的最新版本，右击复制下载链接
• 进入xshell，登录服务器，来到你安装软件的目录下，输入命令wget 下载链接开始下载miniconda软件包
• 进度条完成done后，下载完成

安装miniconda

• 软件包下载好了，还需要安装，开始安装，输入命令bash 安装包.sh即bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
• press ENTER即ENTER，yes即yes，几顿操作完成之后，Thank you...miniconda3！安装成功！
• 还有一步！激活！输入命令source ~/.bashrc

添加镜像

什么是镜像？

镜像，相当于主网站（conda网站在国外）的副本，这样可以加快下载速度

如何添加镜像？

conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

引用自 生信星球

使用conda

• conda list查看当前服务器上安装的软件列表
• 安装fastqc，输入命令conda install fastqc=0.11.7 -y
• 确认是否安装成功的方法是能否查看软件的帮助文档，即软件名称 --help
• 卸载软件，输入命令conda remove fastqc -y

conda环境

：就是进行不同项目（转录组，基因组组装等等）分析的时候，需要不同的软件和同一软件的不同版本，需要进行conda环境分开互不干扰。

• 查看当前conda环境，conda info --envs
• 创建新的conda环境，conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y意思是，-n是-name，新建名叫rna-seq的环境，指定python版本为3，并且安装软件fastqc、trimmomatic。
• 激活新的conda环境，conda activate rna-seq，默认的*号就会转移到rna-seq那一行。
• 退出当前环境，conda deactivate

Tips：

• xx.sh，后缀为软件程序的脚本，相当于安装软件的压缩包
• linux下，左键复制，右键粘贴