生信星球 学习小组Day3笔记--Linux的软件安装 高小能

Conda — linux的软件管理专家

认识 Conda

Conda 是 linux 系统中最方便快捷的下载器，两个版本：建议安装miniconda版

安装 Conda

1. 浏览器搜索“miniconda 清华”，点击进入，下划找到 miniconda 网址

搜索

找到 miniconda 网址

版本列表

1. 查看自己的服务器是多少位的：uname -a

查看服务器信息

1. 在自己的服务器新建一个文件夹，专门存放软件 mkdir biosoft 进入文件夹 cd biosoft
2. 右键最新版本的 miniconda 链接，复制链接，在服务器页面用 wget 命令➕链接 wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_23.3.1-0-Linux-x86_64.sh
   

   复制链接
   

   下载 miniconda
3. 安装 miniconda,ll命令能看到刚才下载的文件 输入 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

安装

1. 一直按 enter 键，直到出现下图，输入 yes,按enter，接着 enter

接着 enter

yes

成功！

1. 最后还要激活source ~/.bashrc 然后输入conda，出现满屏信息，大功告成！

大功告成！

添加镜像

所谓镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。

复制下边的代码，添加我们常用的镜像网站

# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

添加镜像

使用 conda

1 查看当前服务器上安装的所有软件列表 conda list

查看软件列表

2 安装软件，以fastqc软件为例， conda install fastqc -y （-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes）

默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本 如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -y

安装过程

安装完成

3 确认fastqc软件是否安装成功

输入fastqc --help,出现大片文字，说明安装成功

帮助文档

4 卸载软件conda remove fastqc -y

因练习服务器比较弱，任务没有成功

卸载失败

5 添加环境

• 先查看当前conda有哪些环境conda info --envs(前面带*的就是默认的)，可以看到，我们目前就一个conda环境

查看环境

比如我们要处理转录组数据了，好，先建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）(这里指定python版本是因为有的软件是基于python开发的） conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y,这段代码可以创建一个新的 conda 环境，还能把fastqc、trimmomatic这两个软件安装在新的环境里。

创建新环境并下载完成软件

创建完之后，再次查看一下我们的conda环境，conda info --envs ，看是不是多了一个rna-seq。但是发现，默认还是base

查看环境

6 激活环境

conda activate rna-seq ，这时默认的*就会转移到rna-seq前面； 另外你会发现在用户名前面出现了(rna-seq)

激活环境

输入trimmomatic会出现该软件的用法文档

7 退出环境conda deactivate,又回到了 base 环境

退出环境

这次安装感觉还是很顺利的，但是也常常会出现各种 bug，大家一定利用好搜索功能，一般问题网上一般都会查到，不要气馁，问题总会解决，也祝大家在今后安装软件的时候大吉大利，BUG 全无！