vcftools教程1：Linux系统中安装vcftools

邓飞

发布于 2022-12-13 17:24:26

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大家好，我是飞哥。

plink软件和vcftools软件是处理基因型数据常用的两款软件，计划系统的写一个vcftools的操作笔记，包括：

1，软件安装

2，常用的软件质控

3，数据筛选（个体和SNP）

4，统计参数计算（缺失、哈温、LD等）

5，群体遗传参数计算（Fst，pi，Ts和Tv等）

6，vcftools其它常用功能介绍

这里，介绍第一篇：vcftools的安装。（当然，最简单的方法是conda安装，这里介绍一下源码编译安装）

1. 下载

https://vcftools.github.io/examples.html

下载到本地，上传到服务器中。

2. 解压缩

 unzip vcftools-vcftools-v0.1.16-18-g581c231.zip
 cd vcftools-vcftools-581c231/

3. 安装

 bash autogen.sh
./configure
 make
make install

安装完成日志：

 /usr/bin/mkdir -p '/usr/local/share/perl5'
 /usr/bin/install -c -m 644 FaSlice.pm Vcf.pm VcfStats.pm '/usr/local/share/perl5'
make[3]: 离开目录“/opt/vcftools/vcftools-vcftools-581c231/src/perl”
make[2]: 离开目录“/opt/vcftools/vcftools-vcftools-581c231/src/perl”
make[2]: 进入目录“/opt/vcftools/vcftools-vcftools-581c231/src”
make[3]: 进入目录“/opt/vcftools/vcftools-vcftools-581c231/src”
make[3]: 对“install-exec-am”无需做任何事。
make[3]: 对“install-data-am”无需做任何事。
make[3]: 离开目录“/opt/vcftools/vcftools-vcftools-581c231/src”
make[2]: 离开目录“/opt/vcftools/vcftools-vcftools-581c231/src”
make[1]: 离开目录“/opt/vcftools/vcftools-vcftools-581c231/src”
make[1]: 进入目录“/opt/vcftools/vcftools-vcftools-581c231”
make[2]: 进入目录“/opt/vcftools/vcftools-vcftools-581c231”
make[2]: 对“install-exec-am”无需做任何事。
make[2]: 对“install-data-am”无需做任何事。
make[2]: 离开目录“/opt/vcftools/vcftools-vcftools-581c231”
make[1]: 离开目录“/opt/vcftools/vcftools-vcftools-581c231”

4. 测试

键入vcftools

(base) [root@localhost vcftools-vcftools-581c231]# vcftools

VCFtools (0.1.17)
© Adam Auton and Anthony Marcketta 2009

Process Variant Call Format files

For a list of options, please go to:
 https://vcftools.github.io/man_latest.html

Alternatively, a man page is available, type:
 man vcftools

Questions, comments, and suggestions should be emailed to:
 vcftools-help@lists.sourceforge.net

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