R：色盲友好的配色方案viridis

Listenlii-生物信息知识分享

发布于 2021-07-12 11:20:40

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之前投文章的时候，审稿人意见有一条说图的颜色对色盲读者不太好。

我确实还从来没有考虑过这个问题，给审稿人点个赞~

之后又用ggsci()重新调了一下颜色返回了。

最近恰好看到一个包viridis，旨在画出更容易被色盲和/或色觉缺陷者阅读的、以及更好地以灰度显示的图。

基本介绍：

https://cran.r-project.org/web/packages/viridis/vignettes/intro-to-viridis.html

该包包含8个颜色等级：“viridis”, “magma”, “plasma”, “inferno”, “civids”, “mako”, “rocket” , “turbo”。

举个例子，这是一些在正常人眼中的配色：

在绿色色盲眼中会变成这样，ggplot的配色看起来就差不多完全一样了：

在蓝色色盲眼中会变成这样：

总之，viridis系列的配色对色盲会比较友好。

viridis能和ggplot完美结合使用：

离散颜色可用scale_color_viridis() ；连续颜色可用scale_fill_viridis()。

# link: https://cran.r-project.org/web/packages/viridis/vignettes/intro-to-viridis.html

# 安装
install.packages("viridis")
library(viridis)

# 连续颜色可用scale_fill_viridis():
  
library(ggplot2)
ggplot(data.frame(x = rnorm(10000), y = rnorm(10000)), aes(x = x, y = y)) +
  geom_hex() + coord_fixed() +
  scale_fill_viridis() + theme_bw()

# 离散颜色可用scale_color_viridis() 
p <- ggplot(mtcars, aes(wt, mpg))
p + geom_point(size=4, aes(colour = factor(cyl))) +
  scale_color_viridis(discrete=TRUE) +
  theme_bw()