如何在 Pycharm 中高效使用 R 语言 （图文详解）

相信大家学习生信的时候，都会或多或少使用 R 语言来处理生信问题。而几乎提到 R，就会用到 Rstudio 作为开发工具。

然而，武林中还有一款可以撼动 Rstudio 江湖地位的开发工具：Pycharm。

有意思的是， Pycharm 的制作公司 Jetbrains，同时也做了AndroidStudio，一款用来做手机安卓应用的官方开发工具，包括你现在看的微信，部分功能也是用他家的产品实现的。

对于我们做生信项目来说，Pycharm 除了支持 R语言的编写调试外，还可以将 R，Python，Shell，甚至 snakemake 等放在同一工具里编写，并分别支持它们各自的语法高亮和调试。同时支持项目管理，多人协作，版本控制和远程编辑调试，省心又省力。

现在放张图看看在 Pycharm 中使用 R 语言，是不有内味了：

下面我们来进行配置：

1

材料

Pycharm 专业版

R-3.6.3

R Language for IntelliJ

2

安装

如果部分软件已经安装完成跳过即可，但需要注意路径配置和版本问题。

1

Pycharm 安装

1. 下载：

https://www.jetbrains.com/pycharm/download/#section=windows

1. 一路 Next

1. 配置路径

如果有固态硬盘，最好把 Pycharm 放到对应盘符，可以显著提升打开和响应速度

1. 选择创建 64 位快捷方式和加入环境变量

1. 一路 next 打开 Pycharm

如果之前安装过选 1，如果是第一次安装选择2

1. 选择Evaluate for free

试用期限是30天，支持正版的话可以去买激活码，账号激活，网上商城就有，自行搜索

1. 完成安装

1. 如果是第一次安装，字体会很不舒服，Ctrl+Alt+S 打开设置，修改如下

1. 修改界面主题

Pycharm 安装完成

2

R 安装

1. 进入https://cran.r-project.org/mirrors.html
2. 选择清华的TUNA镜像

1. 根据需要选择下载，以windows下载为例

1. 选择base

1. 点击下载

1. 开始安装：确定

1. next

1. 选安装目录时候，需要注意没必要安装在C盘，后续安装包会占用资源。建议在其他盘创建目录，然后以R版本号命名的方式安装R。

比如我在E盘下的R目录:

1. next

1. next

1. Finish，安装完成

3

插件安装

这里提供两种方式：

第一种：

1. 下载插件：

https://plugins.jetbrains.com/plugin/6632-r-language-for-intellij

1. 解压，根据不同的系统执行安装文件：

第二种：

1. 进入设置

1. 点击Plugins，搜索 R Language for IntelliJ，安装

3

新建 R 项目

1. 新建项目

1. 第一次创建项目，Pycharm 先构建索引，这个过程比较耗时

1. 画张图看看，是不是有那味了

Ctrl + Enter 分步执行 点击左上角三角全部执行，虫子来debug

library(ggplot2)
rm(list = ls())
dat <- data.frame(
  time = factor(c("Lunch","Dinner"), levels=c("Lunch","Dinner")),
  total_bill = c(14.89, 17.23)
)
dat
ggplot(data=dat, aes(x=time, y=total_bill, fill=time)) +
    geom_bar(stat="identity")

4

新建R文件及其头信息设置

1. 进入File -> Settings设置

1. 新建 R 文件

1. 如果设置过头信息，新建文件就像这样

5

R包管理工具

1. 搜索已安装 R 包，查看版本等信息

1). 这个包的帮助及介绍信息

2). 链接到 R 包官网

3). 卸载包

1. 安装包

6

使用 R Markdown

什么是 R Markdown：https://rmarkdown.rstudio.com/

1. 新建 RMarkdown 文件

1. 如果没有到检测到插件，可以点击弹出窗口的Install

大功告成，试试新的 R 开发环境吧