0️⃣ 序列比对的概念

序列比对sequence alignment

概念：通过在序列中搜索一系列单个性状或性状模式来比较2个（双序列比对）或更多（多序列比对）序列的方法。 目的： 通过对比不同物种序列的相似性判断他们没之间是否具有同源性。

相似性similarity和同源性homology是序列比较和分析的基础。关于两者区别和联系请参照我之前的博文。 简单来说， 相似性指序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相同DNA碱基或氨基酸残基顺序占的比例高低。 同源性是序列同源或不同源的一种论断，是个定性的概念，没有度的差异，而相似性是量化的。 也就是说两条序列要么同源要么不同源，不可能具有多或少的数量关系。

同源序列分为直系同源和旁系同源。直系同源体通常有相同或相似的功能，但旁系同源提不一定，进化上讲，由于缺乏原始的自然选择的力量，繁殖出的基因副本可以自由的变异并获得新的功能。

进行相似性比对，有以下算法

1 空位罚分

2 替换记分矩阵