1️⃣ 序列获取（1）：DNA序列获取

一 DNA序列获取

1GenBank

GenBank

组织结构

以TIGD1基因为例

image.png

特性表

Entrez

2 EMBL的ENA数据库

EMBL_ENA

可以进行序列相似性搜索

序列相似性搜索

3 DDBJ

DDBJ

二 编码和非编码的DNA序列数据库

1 RefSeq

NCBI的参考序列数据库

The Reference Sequence (RefSeq) collection provides a comprehensive, integrated, non-redundant, well-annotated set of sequences, including genomic DNA, transcripts, and proteins. RefSeq sequences form a foundation for medical, functional, and diversity studies. They provide a stable reference for genome annotation, gene identification and characterization, mutation and polymorphism analysis (especially RefSeqGene records), expression studies, and comparative analyses

Refseq

特点：综合，非冗余，明确的核酸和蛋白质序列的对应关系，数据更新快，可靠

2 PseudoGene假基因数据库

pseudogene

3 STRBase 短串联重复序列数据库:short tandem repeat DNA internet database

已经无法打开 具体请参考文章https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC29767/

4 TRDB 串联重复数据库:tandem repeats databse

原作https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1781109/

TRDB

收录基因组DNA序列中串联重复序列和各种分析工具。 可以进行：

• 串联重复序列查找工具的下载，查询和过滤服务
• 基于序列相似性的重复序列聚类，多态的预测
• PCR引物的选择和数据下载